A estruturação inicial do Enem foi o advento da atual Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional – LDB, que introduziu importantes inovações conceituais e organizacionais no sistema educacional brasileiro. O ensino médio, que ganhou uma nova identidade como etapa conclusiva da educação básica, recebeu a atribuição de preparar o aluno para o prosseguimento de estudos, a inserção no mundo do trabalho e a participação plena na sociedade.
O Enem, portanto, tem como fundamento o conceito de cidadania. Visando a formação ética e o desenvolvimento da autonomia intelectual e do pensamento analítico.
Baseada nessa tendência, o Enem foi concebido como uma prova interdisciplinar, uma das características que o distingue dos vestibulares e exames similares.